Apríl, 2005

Síðasti dagur vormisseris er í dag, ég kláraði öll lokaprófin mín á miðvikudaginn, mér gekk bara vel í prófum sem voru fyrri hluta dags, það síðasta var Survival analysis og ég held ég hafi klúðrað einum lið í dæmi eitt og einum lið í dæmi tvö. Held að ég eigi að fá einkunnirnar í síðasta lagi á föstudaginn 6. maí. Sumarmisseri byrjar svo bara strax á mánudaginn.

Kjóllin hennar mömmu kom svo í Bridal Beginning á miðvikudaginn og við Palli ætlum að ná í hann á eftir, ég hlakka geðveikt til!

Loksins vann ég eitthvað í þessum Pepsi leik, þeir hafa lofað því lengi að 1 af hverjum 3 vinni ókeypis lag í iTunes og nú er komið að mér. Þetta er hins vegar mesta ólukka því að nú þarf ég að velja eitt lag og það þarf auðvitað að vera besta lag í heimi.

Ef þetta væri vídjóspóla þá tæki ég Fargo og ef ég ætti að velja bók tæki ég Íslandsklukkuna. Mér datt reyndar eitt strax í hug, að taka clubbed to death original útgáfuna, ekki leiðinlegu ofspiluðu útgáfuna sem var á Matrix disknum. Ég man að einhverntíman fékk ég 8 diska af mp3 frá Bjarka og þar var þetta lag en tveimur dögum eftir að ég skilaði diskunum þá hrundi harði diskurinn og ég hef ekki heyrt það síðan.

Ábendingar óskast varðandi lagaval.

Já það snjóaði bara um helgina, aldeilis hressandi enda var maður kominn með þéttingsleið á 20° stiga hita dag eftir dag. Annars er þetta kanadamönnum að kenna, þeir senda kalt loft niður yfir landamærin sem mætir röku lofti frá suðrinu og púff, það byrjar að snjóa.

Annars er þetta síðasta vikan í skólanum og um að gera að pakka öllu í hana. Ég þarf að fara yfir eitt próf, ein heimadæmi, skila öðrum, skila yfirliti yfir kúrsinn sem ég kenni í sumar, undirbúa mig fyrir leshópinn á föstudaginn og klára verkefnið í machine learning (sem ég er ekki alveg að nenna).

Vissuð þið annars að Mittag-Leffler, erkióvinur Nóbels (nei, Mittag-Leffler hélt ekki við ástkonu Nóbels Sophiu Hess og það er ekki honum að kenna að Nóbelsverðlaun eru ekki veitt í stærðfræði), setti upp verðlaun í stærðfræði nokkru eftir að Nóbelsverðlaunin voru stofnuð. Hann varð auðvitað að toppa Nóbel og var með tvöfalda verðlaunaupphæð. Peningarnir entust ekkert sérstaklega lengi því stofnféð var í þýskum ríkisskuldabréfum rétt fyrir fyrri heimsstyrjöldina. Svo er fólk að væla yfir því að díkód hrapar í verði.

Á föstudaginn skrifaði ég undir nýtt GSR plagg svo að nú er það komið formlega á hreint að ég held áfram að fá laun í sumar. Núna er ég að setja saman nákvæmari genetic map af markerunum okkar. Það vill þannig til að aðeins 18 af 995 SNP eru í raun til á einu af þremur genetic map (deCode, Rutgers og Marsfield) svo að ég er búin að vera tvö daga að skrifa kóða til að nota staðsetniguna á þessum þessum 995 SNP í basapörum til að áætla hvar þeir eru á Rutgers genetic map út frá þessum 18 sem þar eru.

Ég veit þetta hljómar allt mjög einfalt en er frekar mikið vesen þegar maður vill nota það nýjasta sem hefur verið birt og basaparastaðsetingin sem við fengum frá CIDR (sem sá um að genotypera) eru ekki þær nýjustu.

Hingað til höfum við bara verið að nota nálgunina 1 cM = 10000000 bp, sem samkæmt því sem ég hef nú þegar virðist vera rétt fyrir flesta SNPana okkar.

Jæja, best að drífa sig í skólann.

Helgin var gernýtt í að rifja upp náin kynni við Matlab, þurfti að gera eitthvað í verkefninu mínu í machine learning og skrifa áfangaskýrslu. Ég held ég hafi hangið í Matlab í 18 tíma yfir helgina, mjög hressandi. Það eina sem situr eftir er forrit sem greinir milli handskrifaðs 1 og 7 með 0.6% villu, ekki slæmt það.

Annars hef ég alltaf pirrað mig á mbl.is síðunni, þetta bölvaða blikk eins og neonljós í vafasömum hverfum stórborga. Maður sér varla fréttirnar fyrir dóti sem blikkar og hreyfist og voðafínar flass myndir. En mbl.is hefur stórlagast síðan að ég setti upp Adblock og Flashblock fyrir Firefox. Þetta er mjög einfalt, flashblock neitar að birta flash dót fyrr en maður smellir á myndina og með adblock er hægt að neita að sækja ákveðnar myndir, t.d. http://mbl.is/augl/* virkar mjög fínt. Loksins er hægt að einbeita sér að því að lesa mbl.is, ég vildi bara að það væri eitthvað í fréttum á síðunni.

Já nú er vorið svo sannarlega komið hér í Pittsburgh, trén eru jafnvel fallegri núna en í haust. Þau blómstra öll, gul, hvít, bleik, fjólublá. Svo verður bara allt grænt og ógeðslega heitt!

Við skötuhjú erum búin að sofa mjög illa síðustu nætur vegna hita, ekki það að það sé orðið ólfít úti, heldur kveikir leigusalinn á ofnunum á nóttunni jafnvel þó að útihitastigið fari ekki niður fyrir 15 gráður. Það gerir það að verkum að um 5 leitið þá vaknar maður hrikalega þyrstur og sveittur. Síðan sofnar maður auðvitað ekki aftur fyrr en viftan hefur náð að kæla aðeins herbergið. Ætlum að fara á skrifstofuna á morgun og láta leigusalann vita að það er orðið alger óþarfi að kynda.

Það vill svo skemmtilega til að öll lokaprófin mín fyrir utan eitt eru miðvikudaginn 27. apríl. Klukkan 9 am þann dag á ég að skila lokaverkefni og halda fyrirlestur um áhrif sample size á villutíðni flokkunaraðferðar (classification method) í cDNA microarray. Klukkan 11-12 er lokapróf í statisical methods II, klukkan 2.30 til 4 er lokapróf í population human genetics og klukkan 4.30 til 6.30 er það svo survival analysis. Sem sagt nóg að gera!

Annars er þetta microarray verkefni að gera mig brjálaða, eða réttara sagt nokkrir sem eru með mér í hóp, það tók mig heilan dag, sem ég ætlaði að nota í GSR verkefnið, að sannfæra þau um að það sem þau voru að gera væri vitlaust og það sem verra væri að aðferðin sem þau notuðu gerði það að verkum að mat á villutíðni lækkaði og ekki út af því að aðferðin var svo góð heldur vegna þess að kóðinn þeirra var bandvitlaus. Það sem meira er að ein stelpan er að skoða aðferð sem heitir kNN, og auðvitað gerði hún það vitlaust, ég lét hana vita og hún sagði að hún þyrfti ekkert að laga niðurstöðurnar sínar vegna þess að hún hefði prófað réttu aðferðina líka og hún gæfi næstum sömu niðurstöður - góð vísindi þar!

Að áhugaverðari málum. Var að fá ný gögn í GSR verkefninu mínu. Þetta er marker sem var raðgreindur tvisvar vegna þess að það kom í ljós að það var SNP breytileiki í primer röðinni sjálfri. Við erum núna að vona að við getum sagt eitthvað viturlegt um hinn hópinn sem er að rannsaka þennan sjúkdóm, af því að þegar þau skoðuðu þennan marker fyrir nokkru síðan fengu þau ábyggilega merkilegustu niðurstöður sem nokkrum hópi hefur tekist að fá í erfðafræði flókinna sjúkdóma, niðurstaðan er svo enn merkilegri vegna þess að þessi sjúkdómur er aðeins í eldra fólki, reyndar mjög algengur. Það er nefnilega vel þekkt í mannerfðafræði að það er mun erfðiara að skilja erfðafræðina bak við sjúkdóma sem eru “late onset” vegna þess að þá hefur umhverfið, hugsanlega, haft mjög mikil áhrif. Pappírinn birtist svo auðvitað í Science (jafnflott og Cell eða Nature). Jæja hvað um það samkvæt pappírnum þeirra notuðu þau ekki alveg réttan primer en við höfum þennan marker með tveimur primerum svo að okkar gögn ættu að vera réttari. Gerði nokkur test á þessu í gærkvöldi, bæði með gallaða og nýja primernum og viti menn niðurstöðurnar verða líklega meira sannfærandi núna, reyndar sömu niðurstöður en tölfræðilega betri.

Jæja, best að fara að vekja Palla og drífa sig í skólann, mér veitir ekki af að nota hverja mínútu í lærdóm og vinnu þessa dagana. Hlakka mikið til þegar þetta misseri er búið og ég get farið að demba mér í brúðkaupsundirbúning.

Jamm, þá er það skýrsla síðustu daga.

Veðrið hefur verið með eindæmum gott þó að búið sé að spá rigningu í nokkra daga hefur hún sem betur verið bara birst í mýflugu mynd, svona 10 dropar í gær.

Ýmir stærðfræðingur er í heimsókn hér í Pittsburgh að skoða CMU.

Eins og komið hefur fram alloft þá er allt á fullu í skólanu hjá mér. Það gladdi mig því mikið í gær að boðskortin eru komin í hús. Við erum líka búin að fjárfesta í leturgerðinni og eigum þá bara eftir að prenta.

Gréta líffræðingur vann síðustu þraut!

Við þökkum veðurguðunum kærlega fyrir 26° hita í dag, við þurftum svo sannarlega á því að halda. Bara þrjár og hálf vika eftir af misserinu, þarf reyndar á skúbba af einu stykki verkefni í vélrænum lærdómi, kíki á það á laugardaginn.

Jæja þá er það þraut númer eitt:
Hvað er hér á ferðinni?

Þessa viku hefur verið rjómablíða hér í Pittsburg sól og 20 gráður selsíus en eins og við var að búast á að byrja að rigna í kvöld og rigna alla helgina síðan á að vera sama blíðan í næstu viku en auðvitað á að rigna aftur um næstu helgi.

Vorum rétt í þessu að ganga frá kaupum á boðskortum og eigum von á að fá þau send eftir 10 daga. Síðan þurfum við að fjárfesta í leturgerðinni og byrja að prenta!

Vorum með lambakjötsveilsu í gær og heppnaðist svona líka vel, reyndar mætti David bara því að Tessa var á ráðstefnu einhvers staðar. Þau eru loksins búin að ákveða að gifta sig 30. júli einhvers staðar í miðju Massachusetts. Tessa fann svo kjól um síðustu helgi á sama stað og ég.