Nóvember, 2004

Jæja þá fer letilífinu að ljúka, mikið var nú gott að fá smá pásu. Reyndar erum við búin að vera rosalega duglega að læra og allt. Sem betur fer er ekki mikið eftir í kúrsunum hjá mér, Quals á næsta leiti, það verður nú hressandi að læra fyrir það.

Ég og Jóhanna höfum enn ekki séð kalkúninn fyrir framan húsið, spurning hvort að hann hafi endað ævina í maganum á svöngu fólki. Annars héldum við að veturinn væri kominn, settum auðvitað upp húfur og annan vetrarklæðnað. Næsta dag var auðvitað aftur orðið hlýtt ("ekki skítkalt" væri betri lýsing) og svo kalt aftur en ekkert mjög.

Fólk á hins vegar erfitt með að trúa því að það sé kaldara hérna á veturna heldur en heima á Íslandi. Það er nú reyndar bara janúar og febrúar sem eru kaldir, en síðasta vetur voru þeir skít*******kaldir. Nú er Pittsburgh ekki sérstaklega þekkt sem kuldabæli svo að ég myndi ekki vilja vera staddur í Wisconsin eða Minnesota á þessum árstíma, nó þenk jú verí mötsj.

Dagurinn í dag fór í ekki neitt. Skriðum fram úr rúminu á hádegi, fórum í göngutúr og kíktum á Walnut St. enduðum svo í Barnes and Noble og skoðuðum blöð og drukkum kaffi.

Vorum reyndar furðudugleg í gær, Thanksgiving day, og læruðum í fjóra klukkutíma, fórum svo með Boris á eina veitingastaðinn sem var opinn og fengum okkur kalkún, það var nú reyndar ekki planið en það var það eina sem var í boði! Sáum svo The Icredibles.

Mjög skrítið að sjá nánast engan á ferli og nær ekkert opið hér í USA. Þetta er örugglega eini dagur ársins sem er almennur frídagur. Í morgun byrjaði hins vegar jólaverslunin og margar búðir opnuðu klukkan 5.30 am.

Kanarnir eru líka byrjaðir að setja upp jólaskraut. Leigusalinn okkar er byrjaður að skreyta lóðina með einstaklega jólalegum blikkljósum. Reyndar eru þetta svona litlar flottar jólaperur og væri eflaust mjög smekklegt ef þær blikkuðu ekki á fullu.

Leiðbeinandinn minn, rétt eins og nánast öll mannerfðafræðideildin, er að fara til Indlands í 3 vikur að kenna statistical genetics í gegnum Indian-US training program. Ég fékk flóknasta datasettið mitt hingað til til að vinna í á meðan :-)

Alveg ótrúlegt að krúsarnir séu að klárast einn af öðrum. Lokapróf í theory 10.des, lokapróf í methods þann 13 og í epidemiology þann 14. Síðan er eitt lokaverkefni í frekar skrítnum kúrsi, ég á að skila fyrsta heimaverkefninu í dag (þetta er kúrs sem er bara seinni hlutann á misserinu) og kennarinn var að láta sig dreyma um að hafa 6 heimaverkefni og eitt lokaverkefni, skil ekki alveg hvernig það á að ganga upp.

Það var brjálað að gera í þessari og síðustu viku. Ég fékk nýtt gagnasett með case/control gögnum í rannsókn á gláku. Þurfti að gera haplotype analysis og finna út hvort einhverjar haplotypur hefðu meiri áhrif á tíðni sjúkdómsins en aðrar. Núna er ég að reyna að skrifa nokkrar línur sem eiga að fara í aðferðakaflann, niður- stöður og umræðu í greininni. Sýnist aðferðir og niðurstöður vera tilbúnar en hef ekki hugmynd um hvort eitthvert vit sé í því sem ég hef látið mér detta í hug að þarfnist frekari rannsókna og passi í umræðu kaflann.

Síðasta föstudag buðum við Palli til lambakjötsveislu. Eldum það upp á gamla mátann með brúnuðum karföflum, soðnu grænmeti og sósu. Lærið smakkaðist einstaklega vel og gestirnir virtust einnig kunna að meta það. Þeir fengu sér að minnsta kosti oft á diskinn. Ég held að kjötið sem selt er til Whole Foods sé sérvalið. Þetta var a.m.k. með betri lambalærum sem ég haf smakkað. Síðan gerði ég ostaköku í eftirrétt og gestirnir virtust mjög undrandi yfir því að allt væri “homemade”.

Sem ég var að flakka um stöðvar á viðtækinu í gær þóttist ég kannast við umhverfið í einum þættinum. Þetta var Amazing Race, enn einn veruleikaþátturinn um fólk sem tekst á við hinar og þessar þrautirnar og lúserunum er sparkað af eyjunni. Þegar ég datt ofan í þáttinn var fólkið statt uppi á jökli í tjöldum sem voru merkt 66° norður. Ég varð auðvitað að fylgjast betur með og eftir fáeinar mínútur var það orðið nokkuð augljóst að keppnin fór fram á Íslandi.

Þrautirnar voru ekkert alltof magnaðar, fólk mátti velja um ísklifur og að leita að bauju á Jökulsárlóninu. Mesta þrautin reyndist samt að rata eftir korti og koma sér frá Breiðamerkursandi í Bláa lónið. Flestir náðu að rata skakklappalaust en sumum reyndist það um of.

Eitt parið ákvað að stoppa og fylla jeppann af bensíni, svona upphækkaðan landkrúser. Nota bene bensíni, það var náttúrulega sprenghlægilegt að sjá myndavélina súmma á bensínlokið þar sem stóð stórum stöfum DÍSEL og sjá svo þessar kunnuglegu grænu bensíndælur á fullu. Idjótar! Þau föttuðu þetta sem betur fer og spurðu strákstaulan á bensínstöðinni hvað þau ættu að gera og fengu svarið að það þyrfti að tæma tankinn. Það leið náttúrulega ekki langur tími þar til einhver þúsundþjalasmiður var kominn á staðinn og byrjaður að tæma bensíntankinn í gula brúsa sem hliðin hafði verið skorin út. Nú hefði maður haldið að þetta par hefði átt að tapa feitt vegna tafarinnar.

En nei, tveimur vinum, sem ákváðu að krúsa fram og til baka á Jökulsárlóninu í leit að bauju, datt líka í hug að taka smá sjortkött í áttina að Bláa lóninu. Þeir útskýrðu þetta mjög vel fyrir framan myndavélina, í staðin fyrir að fara fyrst til Reykjavíkur og þaðan í Bláa lónið ákváðu þeir að taka syðri leiðina sem allir þekkja sem Krísuvíkurleiðina. Það gleymdi einhver að segja þeim að þetta heitir ekki Krísuvíkurleiðin fyrir ekki neitt. En þetta meikaði samt sens þegar þeir sögðu frá þessu “Ef við náum að halda 90 km hraða alla leiðina þá verðum við komnir á undan öllum öðrum.” Einmitt. Í stuttu máli sagt þá töpuðu þeir.

Þetta hlýtur að vera besta landkynning sem Ísland hefur fengið í lengri tíma. X milljón manns límdir fyrir framan skjáinn að horfa á íslenska náttúru í heilan klukkutíma. Ef einhver í ferðamálabatteríinu hefur haft hönd í bagga með þetta þá er sá og hinn sami/sama snillingur.

Viðbót: Eins og sjá má hér þá er þessi landkynning dauðans aðalræðisskrifstofunni í NY að þakka.

Jæja eftir má stress í gærkvöldi þá erum við búin að bóka hótel í New York yfir áramótin. Palli og Haffi bryjuðu á því að bóka hótel yfir netið. Síðan fengu Brynhildur og Haffi hringingu frá mjög svartsýnni konu um að allt væri fullt á hótelinu og reyndar öllu sem hún hafði aðgang að.

Við Palli byrjðuð því að leita mjög skipulega að öllum “ódýrum” hótelum í borginni og enduðum á að finna eitt á prýðisgóðum stað á 38 stræti nálægt Times Square. Við erum ekki enn búin að fá símtal um að þetta gangi ekki upp og búin að borga (peningarnir eru farnir út af reikningnum) svo þetta ætti að vera í lagi.

Já, við Palli erum svo heppin að eiga von á gestum í desember, febrúar og mars. Fyrst koma Haffi og Brynhildur og bjarga jólunum, síðan mamma og Bryndís og svo koma Birna og Jón í vorfríinu.

Fyrir aðra í ferðahug þá erum við búin í vorprófum um miðjan maí.

Annars skelltum við okkur á The Waterfront í gær og í bíó. Sáum Bridget Jones II. Það er óhætt að segja að hún var fyndin, eiginlega fyndnari en fyrri myndin. Keypti mér líka hrikalega dýrt Diet Coke, $3.25 fyrir 600 mL (til samanburðar er hægt að fá 12 dósa pakka í á $2.5 í matvörubúðunum).

Palli var rétt í þessu að sýna snilli sína á unix. Ég er núna með keyrslu á tölvuklasa (computer cluster, ef einhver kann betra orð, látið vita) mannerfðafræðideildar- innar í skólanum í gangi. Ein keyrsla tók þrjá daga og forritið keyrir sjálfkrafa 6 keyrslur ef allt er í lagi og skilar ekki fyrstu niðurstöðum fyrr en allt er búið. Heildarpakkinn mun því taka 18 daga.

Ég var sem sagt í stress kasti í yfir því að fá ekki neinar niðurstöður fyrr en eftir 2 vikur, þar til Palla tókst að setja nýja keyrslu í gang sem kóperaði niðurstöður úr fyrstu keyrslunni yfir á heimasvæðið mitt á Chimeru, jibbí.

Ástæðan fyrir því að keyrslan tekur svona langan tíma er að ég er reikna út hapló- týpur fyrir 131 manns í einu ættartré og fjöldann allan af erfðamörkum sem í þokkabót eru staðstett mjög þétt á litningi 17. Þessi mikli þéttleiki leiðir til þess að útreikningarnir eru miklu hægari því erfiðara er að áætla hvar og hvort endur- röðun hefur átt sér stað. Það sem einnig flækir málið er að oftast höfum við bara raðgreind erfðamörk í einni kynslóð, við vitum reyndar hverjir foreldrarnir eru en þar sem að þeir eru yfirleitt ekki á lífi þá eigum við ekkert DNA úr þeim.

Jæja, ef þið eruð ekki þegar sofnuð úr leiðindum. Þá finnst mér þetta voða spennandi allt saman. Eitt af mikilvægu verkefnum statistical genetics í dag er að leysa vandamál eins og þetta. Hvernig er best að analysera sjúkdóma sem eru aðeins greindir í eldra fólki. Hvernig á að nota allar þessar nýju upplýsingar sem SNP gefa okkur. O.s.frv

Daglegir lesendur þessa bloggs verða ánægðir að lesa að ég er enn á lífi. Síðasta vika byrjaði ekki vel með massaósigri góðu kallanna, ég sem hélt að kanar væru svo mikið fyrir happy-ending, það verður víst ekki fyrr en 2008. Þar að auki þurfti ég að sanna sakleysi mitt gagnvart ökutækjasviði Pennsylvaníuríkis (sem glöggir lesendur muna að mér er ekki vel við) því það var víst villa í kennitölunni minni. Svonalagað myndi auðvitað aldrei gerast heima á Íslandi því þar er vartala í kennitölunni sem grípur allar eins stafs villur.

Seinni hluti vikunnar var hvergi eins dramatískur og fyrri hlutinn, enda samanstóð hann mestmegnis af lærdómi. Og það er víst nóg af lærdómnum framundan og svo þakkargjörðarhátíðin eftir tvær vikur og svo jólin og svo …. er allt í einu komið að Qualifiers prófunum (eða Quals eins og þau heita víst) sem lendir auðvitað á 25 ára afmælisdaginn minn! Jahérna hvað tíminn líður hratt, áður en maður veit af er maður orðinn karl afgamall. Enn ein sönnunin er þegar ég kenni dæmatíma þá verð ég að hemja mig og hefja ekki setningar á "Þegar ég var á ykkar aldri þá … "

Kíkið á þetta og þetta eða bara á allt bloggið: Immoral minority.

Þetta er nýtt blogg sem einn vinur Palla á víst að skrifa á (annar vinur hans setti það upp og ætlast til að hann (David) skrifi á það). Það var sett upp daginn eftir kosningar, þar sem menn eru aðeins að reyna að jafna sig á úrslitunum og lofa að tala ekki bara um kosningarnar. Þeir virðast ekki vera búnir að jafna sig miðað við innihaldið. Hér er mikilvægt að lesa líka commentin.

Svo er talkings points memo góður.

Það er skemmst frá því að segja að ekki er allt of auðvelt að komast í gegnum skriffinnskuna hér í USA án þess að lenda í einhverju rugli. Í gær fengum við (þ.e.a.s Palli) harðort bréf frá skrifstofu umferðarmála (office of transportation) í Pennsylvaniu. Honum var gert að skila inn ökuskírteini sínu fyrir 16. nóvember ella koma fyrir dómara. Ástæðan var jú að hann hafði vísvitandi svindlað til að fá pennsylvanískt ökuskírteini.

Okkur var lífsins ómögulegt að skilja hvað við hefðum eiginlega gert, við fórum jú með alla pappíra fyrir því að hann mætti taka bílpróf, sönnun fyrir að búa í Pittsburgh, vegabréf og fullorðinn einstakling með bílpróf og bíl (lesist David) í prófið. Palli hringdi því á skrifstofnun og náði tali af einvherri konu sem gat ekki fundið neitt í kerfinu um að bréfið hefði verið sent, hvað þá hver ástæðan fyrir því var.

Hún sendi því málið til rannsóknadeildarinnar og sagði okkur að bíða eftir símtali í þrjá daga, sem betur fer hringdi rannsóknamaður í morgun og við komumst að því að SSN var einhvers staðar vitlaust vitlaust. Maðurinn lagði það, renndi gögnunum í gegnum kerfið og sagði að allt væri í lagi.

Nú bíðum við eftir bréfi sem segir að Palli þurfi hvorki að skila inn ökuskírteininu né koma fyrir dómara.